آسیب به مخاط روده ناشی از رژیم غذایی با چربی بالا می‌تواند تغییرات منفی را در میکروبیوم روده ایجاد کند، از جمله گسترش باکتری‌های مضر (به عنوان مثال، انتروباکتریاسه) و ترویج بیماری.