دانشگاه معارف اسلامی برای نیم ‌سال اول سال تحصیلی ۱۴۰۲ ـ ۱۴۰۱ (ترم مهر ۱۴۰۱) از طریق آزمون ورودی اختصاصی کارشناسی‌ارشد از میان برادران و خواهران طلبه (ویژه طلاب حوزه‌های علمیه) دانشجو می‌پذیرد.