میرزا مهدی اصفهانی از جمله شخصیت‌های تاثیرگذار در دهه‌های اخیر در حوزه‌های علمیه شیعه به شمار می‌رفت. اندیشه‌های او زمینه ساز پیدایش نوعی تفکر در حوزه خراسان شد که امروزه با عنوان مکتب تفکیک شناخته می‌شود.